V Bratislavskom kraji sa nachádzajú Malé Karpaty, ktoré od seba oddeľujú Záhorskú a Podunajskú nížinu.Vďaka styku úrodných nížin a nízkeho pohoria je jeho poloha výhodná. Podnebie kraja je teplé a pomerne suché. Územie je väčšinou odlesnené a úrodné s pomerne hustou zástavbou.

Cez Bratislavský kraj pretekajú rieky Morava, Dunaj a Malý Dunaj. Na Dunaji sa nachádza vodná nádrž Vodné dielo Gabčíkovo. Hranicu s Českou republikou a Rakúskom tvorí na juhozápade rieka Morava, ktorá sa do Dunaja vlieva pod hradom Devín.